Au début de chaque exercice, le ministre délégué soumet à l’approbation du président de la République, le programme annuel de vérification, ainsi que son plan d’action.  

Les services du Contrôle supérieur de l’Etat (Consupe), organisés par le décret présidentiel n°2013/287 du 04 septembre 2013, jouent un rôle central dans la protection de la fortune publique et la lutte contre les détournements des deniers publics. Son positionnement institutionnel en dit long sur l’importance de ses missions. Puisque les services du Contrôle supérieur de l’Etat relèvent de l’autorité directe du président de la République dont ils reçoivent les instructions et à qui ils rendent compte. En tant qu’institution supérieure de contrôle des finances publiques, les services du Consupe sont chargés de l’audit externe.  

A ce titre, ils ont notamment pour missions : la vérification, au niveau le plus élevé, des services publics, des établissements publics, des collectivités territoriales décentralisées et leurs établissements, des entreprises publiques et parapubliques, des liquidations administratives et judiciaires, ainsi que des organismes,  établissements  et associations confessionnels ou laïcs bénéficiant des concours financiers, avals ou garanties de l’Etat ou des autres  personnes  morales  publiques, sur les plans administratif, financier et stratégique ; le contrôle de l’exécution du budget de l’Etat ; le contrôle de l’exécution des projets à financements extérieurs ; le contrôle, en cas de nécessité, de la qualité des rapports d’audits effectués pour le compte de l’Etat ou de ses démembrements par les cabinets privés ; l’évaluation des programmes et projets ; l’appui au renforcement  des  capacités  des ordonnateurs et des gestionnaires de crédits publics ; l’appui technique, méthodologique et pédagogique en matière de contrôle et de vérification de la gestion de la fortune publique, aux structures de contrôle administratif et d’audit interne d’autres départements ministériels et d’organismes publics et parapublics ; la diffusion des normes de vérification et d’audit dans le secteur public et parapublic ; l’assistance du gouvernement dans la conception, la mise en œuvre et l’évaluation des programmes de modernisation de l’Etat.  

En outre, les services du Contrôle supérieur de l’Etat peuvent, sur instruction du président de la République, effectuer des contrôles spécifiques auprès des organismes privés poursuivant un objet ayant un lien avec le service public, et présentant un caractère stratégique pour l’économie ou la défense nationale. Dans l’exercice de leurs attributions, les services du Consupe effectuent un contrôle de conformité et de régularité ; un contrôle financier ; un contrôle  de  performance  ;  un contrôle de l’environnement ; et un contrôle des systèmes d’information  Les contrôles sont effectués par les vérificateurs du Consupe, sur pièces et sur place.

A cet effet, et nonobstant les contrôles effectués  par les autres organes de contrôle, les responsables des structures auditées sont tenus de présenter les pièces relatives à la période auditée. Ce faisant, les services du Consupe concourent à la sanction des ordonnateurs et des gestionnaires des deniers publics, dans les conditions prévues par les lois et règlements en vigueur. A ce titre, le ministre délégué en charge du Consupe préside le Conseil de discipline budgétaire et financière.                   

Les structures  d’audit interne transmettent aux services du Consupe, à la diligence des chefs de départements ministériels concernés, un exemplaire de chacun des rapports rédigés à la suite de toutes les interventions menées au cours de l’exercice, ainsi qu’un exemplaire du rapport annuel d’activités. Après examen de ces rapports, les services du Consupe peuvent, le cas échéant, saisir le Conseil de discipline budgétaire et financière .